O gene F9 fornece instruções para a produção de uma proteína chamada fator IX de coagulação. O fator de coagulação IX é feito no fígado. Esta proteína circula na corrente sanguínea em uma forma inativa até que ocorra uma lesão que danifica os vasos sanguíneos. Em resposta à lesão, o fator IX de coagulação é ativado por outro fator de coagulação chamado fator XIa. A proteína ativa (às vezes escrita como fator de coagulação IXa) interage com o fator de coagulação VIII e outras moléculas. Essas interações desencadeiam uma cadeia de reações químicas adicionais que formam um coágulo sanguíneo.